De speler speelt de rol van een ninja (ofwel de mannelijke Tsukikage of de vrouwelijke Saiyuri), waarbij hij de D-pad gebruikt om te bewegen en de knoppen om te springen en aan te vallen. Verschillende speciale items genaamd Shinobi Tools moeten worden verzameld om de vijf kunsten van ninjutsu (aarde, wind, vuur, water en hemel) onder de knie te krijgen en door het spel te gaan. Bewakers kunnen de anderen waarschuwen en kunnen worden vermeden. De rang van de speler aan het einde van elke fase wordt bepaald door hoe snel het level werd voltooid en hoe vaak de hoofdpersoon is opgemerkt door menselijke vijanden, en kaarten kunnen aan de speler worden toegekend.

- Beperkte opdruk van Limited Run Games